V roku 1950 boli postavené celkom tri exempláre závodného špeciálu. Do dnešných čias sa však zachoval jediný z nich. Ten bol až do doku 1962 nasadzovaný do pretekov, neskôr prešiel do osobného vlastníctva slovenského automobilového pretekára Ivana Mičíka. V roku 2007 získalo závodný voz české múzeum a začalo jeho renováciu podľa dobových podkladov.
Pretekársky špeciál s hliníkovou karosériou bol navrhnutý pre kategóriu športových vozidiel, kde štartoval s reflektormi a blatníkmi; po miernych úpravách karosérie zakrytím miesta spolujazdca a demontážou reflektorov a blatníkov bol nasadený aj v kategórii pretekárskych vozov.
Premiéra prvej Škody 966 Supersport prebehla v máji 1950 pri okruhovom závode v Mladej Boleslavi. Po dvoch ďalších pretekoch bolo vozidlo natoľko poškodené, že muselo byť nahradené novým. Cieľom továrenského tímu bolo nasadzovať do pretekov dvojicu vozidiel, vznikol teda ešte ďalší, v poradí tretí prototyp. A práve tento Supersport sa ako jediný dochoval až do dnešných čias.
Agregát so zdvihovým objemom 1 089 cm3 pochádzal pôvodne zo Škody Tudor, avšak dostal novú hliníkovú hlavu valcov s polkruhovým spaľovacím priestorom. Existovala verzia s atmosférickým nasávaním a dvoma karburátormi, alebo najvýkonnejšie prevedenie s jedným alebo dokonca dvoma kompresormi. Obe prevedenia šlo od seba rozpoznať podľa výšky kapoty motora. Prepĺňaná verzia mala kapotu nižšie, pod tou vyššou sa skrývali dva karburátory.
Pre ďalšie navýšenie výkonu v súlade so zmenenými pretekárskymi pravidlami došlo ku zvýšeniu kubatúry, najprv na 1 221 cm3, neskôr na 1 500 cm3 so štyrmi karburátormi alebo jedným, príp. dvoma kompresormi.
Motor s karburátorom dával výkon 66 kW (90 k), preplňovaná verzia dokonca až 132 kW (180 k) a umožnila dosiahnuť takmer 200 km / h. Supersport sa tak v tej dobe stal najrýchlejším československým automobilom. Kvôli množstvu potrubí v motorovom priestore bol model s kompresorom nazývaný tiež „plynáreň“.
V roku 1956 začal vývoj nástupcu, nového špeciálu Škoda 1100 OHC.